通过对始祖鸟形态特征的基本分析，就不难理解对始祖鸟起源的争论如此激烈的原因了。至今古生物学家对始祖鸟的骨骼形态研究仍感兴趣，并依据各自的见解提出或丰富已有的鸟类起源学说。集当前关于鸟类起源的假说，主要有槽齿类起源说，鳄类姊妹群说和兽脚类恐龙起源说。

　                     　图1-a：槽齿类

                     图1-b：槽齿类骨骼复原图

　　槽齿类起源说（假鳄类起源说）：最早的槽齿类是小型的四足行走动物，称为古鳄类。其分化的一只称为假鳄类，鸟类即是从这一只进化发展而来的。这个理论主要是通过对假鳄类化石解剖对比而得来的。