爬行动物传统上根据头骨上颞颥孔的数目和位置分成4大类,这种分类不一定正确反映了彼此的亲缘关系,但是使用起来比较方便,所以虽然现在新的划分方案很多,但是这种传统的分类仍然常被使用。
头骨上没有颞颥孔的划分成无孔亚纲,代表爬行动物的原始类型;头骨每侧有一个下位的颞颥孔的划分为下孔亚纲,是向着哺乳动物演化的爬行动物;头骨每侧有一个上位的颞颥孔的划分为调孔亚纲,是海洋爬行动物;头骨每侧有两个颞颥孔的划分为双孔亚纲,是主干爬行动物,并演化出了鸟类。双孔亚纲又进一步划分为较原始的鳞龙下纲和进步的初龙下纲(或总目)。
现存的爬行动物除了龟鳖类属于无孔亚纲,鳄类属于初龙下纲外,其余成员均属于鳞龙下纲。现存的爬行动物中龟鳖类划分成龟鳖目,鳄类划分成鳄目,而鳞龙下纲的分目有两种意见,一种意见是分成喙头目和有鳞目,有鳞目进一步划分成蜥蜴、蚓蜥和蛇三个亚目,而蜥蜴亚目和蛇亚目再各自划分成几个下目或超科。另一种意见是蜥蜴、蚓蜥和蛇各升级为一个独立的目,三者再合成一个有鳞总目,其中蜥蜴和蛇下属的下目则升级为亚目。
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